裸子植物和被子植物之間有一個重要的區(qū)別：被子植物的胚珠被一個心皮所包裹，而裸子植物的胚珠則是裸露的。

裸子植物開出的所謂“花”并不是真正的花。它們的雌花被稱為大孢子葉球，而雄花被稱為小孢子葉球。與之不同，被子植物能夠開出真正意義上的花，這些花由花萼、花冠、雄蕊和雌蕊四個部分組成。

裸子植物的花粉是由風力傳播的，并且能夠直接進入胚珠通過珠孔，而被子植物的花粉則需要先到達柱頭并萌發(fā)，形成花粉管，然后才能到達胚珠。此外，被子植物還具有獨特的雙受精現(xiàn)象。