植株的根腐病治療方法和所用藥物因植物的不同而有所差異。以小麥根腐病為例，可以使用50%的撲海因或50%的菌核凈進行治療。每hm2土地需要使用500至750克的噴霧劑進行噴灑。對于西紅柿根腐病，可以采用百泰（一種殺菌劑）1000至1500倍稀釋液，加上沃家福（促生根劑）1000倍稀釋液進行灌根治療。

此外，根腐病的治療還可以通過施用微生物菌肥em菌原液來改善植物的生存環境。增加土壤有機質含量，改善土壤結構，活化土層，抑制病蟲害的發生，以預防和治療根腐病等植物病害。

在播種前，可以使用種子重量的0.3%退菌特或種子重量的0.1%粉銹寧進行拌種，也可以使用80%的402抗菌劑乳油2000倍稀釋液浸泡種子5小時。對于插穗，可以用相同濃度的藥液浸泡基部1小時后進行扦插。這些預防措施能有效地預防根腐病的發生。