生態系統的結構是指生態系統內各個組成部分在空間和時間上的相對有序穩定狀態。這包括生態系統的形態結構和營養結構兩方面內容。生態系統的形態結構主要包括生態系統內生物種類的多樣性、種群數量的穩定性、種群在空間上的分布模式（包括水平和垂直分布）以及生物的時間變化（如生長發育等）。舉個例子，一個森林生態系統中的動植物及微生物的種類和數量會在一定的時間范圍內相對穩定。

從空間結構來看，生態系統呈現明顯的層次現象。從上到下可以分成不同的層次，如喬木層、灌木層、草本層、地面上的苔蘚和地衣類以及地下的根系。這種垂直層次的存在使得生態系統內的物種有著各自的生態位。

生態系統的營養結構指的是各個組成部分之間建立起來的營養關系，是生態系統內能量和物質流動的基礎。其中，生態系統中的產生者通過光合作用吸收能量，并將其轉化為有機物質，形成食物鏈的起點；而消費者則以其他生物為食，將有機物質進行消化吸收，維持自身生命活動；同時，分解者在生態系統中起著分解和循環有機物質的作用。這些不同的營養關系交織在一起，構成了復雜的生態系統營養結構。

總之，生態系統的結構包括形態結構和營養結構。形態結構主要描述了生態系統內各種生物的多樣性、數量和分布模式，而營養結構則涉及到組成部分之間的食物鏈和物質流動關系。這兩個方面的結構相互作用，決定了生態系統的完整性和穩定性。