檸檬樹修剪包括多種手法，如摘心、短截、疏枝、回縮、扭梢、抹芽、鋸主枝和斷根。摘心是指在檸檬生長季節剪除新枝的頂端，短截是將一年或多年生的枝條剪短，疏枝是從基部剪除某些枝條，回縮是剪除多年生枝條的先端使其回縮，扭梢是將檸檬的枝條扭曲或向下扭轉，抹芽是在夏秋季節將嫩芽抹掉，鋸主枝是從基部鋸除擾亂樹形的大枝，斷根是部分切除大根和側根。

修剪檸檬樹的時間可以在一年的任何季節進行，但每個季節的方法和目的會有所不同。生長停滯期如冬季可以進行修剪，在高溫地區可在果期之后修剪時清理枯葉和病葉，而在低溫地區則可延遲到春季進行修剪。在生長期間如夏季和花期可進行修剪，夏季修剪主要包括抹芽、摘心和短截，以控制枝條生長并促進果實發育。花期的修剪主要是剪除不長葉子的花枝，以減少養分消耗。在生長期修剪后需要消毒，以避免引發病蟲害問題。