花菱草常見的病害之一是黑腐病。黑腐病主要對葉片造成危害，從下部葉片開始擴展到上部葉片。葉片表面出現黃變，背面有灰白色的病斑，并且有大量的灰白色霉層。隨后，葉片表面也會產生霉層，最終導致葉片卷曲干枯，影響果實的生長和著色。此外，花菱草的根部也會腐爛，莖桿會出現黑腐。這主要是因為花菱草對水澇敏感，當天氣陰雨連綿時，容易發生黑腐病。在南方的春天和珠三角地區的6-7月份，花菱草黑腐病的發病率較高。
對于花菱草黑腐病的防治方法，需要及時剪除整株萎蔫、根系病變嚴重的植株，對病穴進行重點殺菌處理。同時要控制澆水的頻率，保持盆土的干燥。可以使用多菌靈500至600倍液進行灌盆，確保植株的根系完全被液體覆蓋。
花菱草還常見一種蟲害，那就是白粉虱。白粉虱的食性很廣，可以危害多種蔬菜、多肉和草本植物。主要以若蟲為害，聚集在花菱草的葉背面吸取汁液，導致葉片褪色、變黃、萎蔫，嚴重時會導致植株死亡。白粉虱還會分泌密露，污染葉片，引起霉菌感染，影響植株的光合作用，進而影響開花和結果。
對于白粉虱的防治方法，可以摘除老葉并燒毀，因為老齡若蟲多分布在下部葉片上。此外，可以使用25%噻嗪酮(撲虱靈)可濕性粉劑，或者使用2.5%溴氰菊酯或20%氰戊菊酯（速滅殺丁）乳油2000倍液進行噴霧，每隔6~7天噴一次，連續防治3次。還可以使用煙霧劑進行熏蒸，連續進行2-3次。
