柯南大結(jié)局名為《黑暗組織的秘密》，隨著調(diào)查的深入，工藤優(yōu)作意識(shí)到黑暗組織的龐大，于是他請(qǐng)求國(guó)際刑警的幫助。在日本警方和柯南的協(xié)助下，他們多次成功阻止了黑暗組織的活動(dòng)，這激怒了黑暗組織。為了報(bào)復(fù)，黑暗組織襲擊了阿笠博士的家，并抓住了少年偵探團(tuán)，留下了工藤新一獨(dú)自前往營(yíng)救的暗示。

在黑暗組織的總部，Gin發(fā)現(xiàn)了哀的真實(shí)身份，并威脅要制作縮小藥的解藥，以求救少年偵探團(tuán)的生命。聰明絕頂?shù)陌г谝惶靸?nèi)制作出了解藥和假死丸，并巧妙地將胖子的毒藥替換成了假死丸。當(dāng)Gin拿到解藥后，他命令胖子殺死阿笠和少年偵探團(tuán)。