首節：黃巾起義初戰。主人公召集了20名小兵前往商人處申請剿滅敵人的任務。在前往建業的街頭，他們遇到了匪徒，經過一場勝利的戰斗后，他們遇到了建業的商人。商人告訴他們整個天下都陷入了混亂，黃巾起義愈演愈烈，商人的兄弟也被綁架了。為了解救商人的兄弟，主人公開始了他的起義之路。

第二節：再戰黃巾。在商人那里接到張寶的任務之前，主人公先召集了50名士兵來壯大兵力。之后，他們接受了任務并得知黃巾軍已經占領了一個村子，需要主人公幫助證明黃巾的存在，帶領商人的10名戰士，偽裝成路人奪回村莊。

第三節：前往水鄉。商人即將離開城市，向主人公透露寶玉有著重大的來歷，并建議主人公去水鄉找水鏡先生了解詳情。他們來到水鄉，并在村莊的最深處找到了水鏡先生。水鏡先生對寶玉的出身產生了質疑，決定讓主人公與水鏡的弟子楚云進行一對一的戰斗來證明自己的實力。

第四節：尋找四寶玉和有緣人。從水鏡先生那里得知，寶玉是南方朱雀寶玉的守護者，而張角并不是真正掌握寶玉力量的人。水鏡先生告訴主人公，為了天下蒼生的利益，他需要找齊四個寶玉和有緣人，并再次回到水鄉向水鏡先生復命。

第五節：擊敗張梁，拯救從軍商人。楚云加入后，地圖上會出現張梁的軍隊，擊敗他們后，一些從軍的商人會加入主人公的隊伍，這樣他們就可以在戰后販賣物品了。還有一個支線任務：建業酒館，在主線劇情結束后，將出現左慈和孫策吵架的情節，非常有趣。主人公會幫助左慈在比武場打敗孫策，然后答應帶著左慈私奔到一個世外桃源，故事還在繼續。