海洋保護區的概念最早于1962年世界國家公園大會首次提出。它是指依照法律對特定海域、海岸、河口濕地、島嶼以及其他需要特殊保護的海域的一定面積，進行特殊保護和管理，以保護海洋自然環境和自然資源為目的的區域，又稱為海洋自然保護區。

海洋保護區的定義有很多種，有些把它看作是純粹的水域保護區，也有些將其包括在一定陸地區域的海岸帶保護區中。同時，有些海洋保護區是嚴格的海洋自然保護區，還有一些則是不同類型的海洋管理區。

為了指導各國海洋保護區的建設，國際自然保護聯盟給出了關于海洋保護區的定義：“海洋保護區是通過法律程序或其他有效方式，對其中部分或全部環境進行封閉保護的潮間帶或潮下帶陸架區域，包括其上覆水體及相關的動植物群落、歷史及文化屬性。”這個定義涵蓋內容廣泛，包括各種類型和規模的海洋保護區，只要符合國際自然保護聯盟的保護區目標即可。