標記基因是一種已知功能或已知序列的基因，它能夠以特異性的方式進行標記。在基因工程中，標記基因在重組DNA載體中起著重要的作用，常用于檢測基因轉(zhuǎn)化的成功與否。通過將可以被檢測的標記基因與目的基因進行連鎖，當目的基因成功轉(zhuǎn)化并成功表達時，可以間接地對其進行定位。或者，如果已知目的基因周圍的序列，可以設計可插入標記基因，通過對該標記基因的檢測來間接定位目的基因。