南京市內有兩所享有985高校的聲譽，分別是南京大學和東南大學。同時，南京市還有一些211高校，包括南京航空航天大學、南京理工大學、河海大學、中國藥科大學、南京農業大學和南京師范大學。其他仍然有一些知名的高校，如南京郵電大學、南京工業大學、南京林業大學、南京醫科大學、南京中醫藥大學、南京財經大學、南京信息工程大學、金陵科技學院、南京工程學院、南京曉莊學院、南京審計學院、江蘇警官學院、南京體育學院、南京藝術學院和三江學院。