非洲東部和北部流經的尼羅河是世界上最長的河流，全長6670公里，自南向北注入地中海。尼羅河與非洲中部的剛果河以及西非地區的尼日爾河并列為非洲最大的三個河流系統。盡管2007年有巴西學者宣稱亞馬遜河更長，但此觀點尚未得到全球地理學界的廣泛認同。尼羅河有兩條主要支流，分別是白尼羅河和青尼羅河。從埃塞俄比亞高原發源的青尼羅河是尼羅河下游主要水源和營養的供給，而白尼羅河則是兩條支流中最長的一條。尼羅鱷生活在尼羅河流域。